Στην Ηρακλειά φτάνει κανείς ακτοπλοϊκά. Το νησί έχει καθημερινά το καλοκαίρι και 2 φορές την εβδομάδα το χειμώνα απευθείας σύνδεση με Ferry Boat με το λιμάνι του Πειραιά. Καθημερινά, εκτός Κυριακής, έχει σύνδεση με τη Νάξο, Αμοργό και τις υπόλοιπες Μικρές Ανατολικές Κυκλάδες.